依据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》，被责令停产整顿的煤矿应当制定整改方案，落实整改措施和安全技术规定；整改结束后要求恢复生产的，应当由（）组织验收。A、县级以上地方人民政府负责工商行政管理的部门B、县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门C、县级以上地方人民政府负责国土资源管理的部门D、所在地人民政府

A项，煤矿有重大安全生产隐患和行为的，应当立即停止生产，排除隐患。煤矿安全监察部门要履行监督检查的职责，一旦发现重大安全生产隐患和违法行为，必须立即下达停产整顿的指令，提出整顿的内容、时间等具体要求。B项，3个月内2次或者2次以上发现有重大安全生产隐患，仍然进行生产的煤矿，县级以上人民政府负责煤矿安全生产监督的部门、煤矿安全监察机构应当提请有关人民政府关闭该煤矿。C项，被责令停产整顿的煤矿擅自从事生产的，县级以上地方人民政府负责煤矿安全监督管理的部门、煤矿安全监察机构应当提请有关地方人民政府予以关闭。D项，停产整顿的煤矿，在停产整顿期间，由有关人民政府采取有效措施进行监督检查。

被责令停产整顿的煤矿应当制定整改方案，落实整改措施和安全技术规定；整改结束后要求恢复生产的，应当由县级以上人民政府负责煤矿安全监督管理的部门自收到恢复生产申请之日起60 日内组织验收完毕。验收合格的，经组织验收的地方人民政府负责煤矿安全监督管理的部门的主要负责人签字，并经有关煤矿安全监察机构主要负责人审核同意，报请有关地方人民政府主要负责人签字批准，煤矿方可恢复生产。

依据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》第十一条对被责令停产整顿的煤矿，颁发证照的部门应当暂扣采矿许可证、安全生产许可证、营业执照和矿长资格证、矿长安全资格证。 被责令停产整顿的煤矿应当制定整改方案，落实整改措施和安全技术规定；整改结束后要求恢复生产的，应当由县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门自收到恢复生产申请之日起60日内组织验收完毕；验收合格的，经组织验收的地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门的主要负责人签字，并经有关煤矿安全监察机构审核同意，报请有关地方人民政府主要负责人签字批准，颁发证照的部门发还证照，煤矿方可恢复生产；验收不合格的，由有关地方人民政府予以关闭。
故本题应选择A选项。

依据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》第10条的规定，对3个月内2次或者2次以上发现有重大安全生产隐患，仍然进行生产的煤矿，县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门、煤矿安全监察机构应当提请有关地方人民政府关闭该煤矿(如A项)；第11条规定，被责令停产整顿的煤矿整改结束后，验收不合格的，由有关地方人民政府予以关闭(如D项)；被责令停产整顿的煤矿擅自从事生产的，县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门、煤矿安全监察机构应当提请有关地方人民政府予以关闭(如C项)；第5条规定，负责颁发采矿许可证、安全生产许可证、煤炭生产许可证、营业执照、矿长资格证、矿长安全资格证等证照的部门，一经发现煤矿无证照或者证照不全从事生产的，应当责令该煤矿立即停止生产，同时于2 Et内提请当地县级以上地方人民政府予以关闭(如E项)。

本题考查的是停产整顿的规定。选项A错误，对3个月内2次或者2次以上发现有重大安全生产隐患，仍然进行生产的煤矿，县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门、煤矿安全监察机构应当提请有关地方人民政府关闭该煤矿；选项B错误，被责令停产整顿的煤矿应当制定整改方案，落实整改措施和安全技术规定；整改结束后要求恢复生产的，应当由县级以上地方人民政府负责煤矿安全生产监督管理的部门自收到恢复生产申请之日起60日内组织验收完毕；选项D错误，发现无证照或证照不全擅自生产的煤矿，应于关闭。