联合体协议书中首先必须明确（）。A、联合体成员的数量B、联合体牵头人的职责C、联合体牵头人的权利D、联合体牵头人义务

根据《招标投标法》第31条规定，联合体各方应当签订共同投标协议，明确约定各方拟承担的工作和责任，并将共同投标协议连同投标文件一并提交招标人。为了规范投标联合体各方的权利和义务，联合体各方应当签订书面的共同投标协议，明确各方拟承担的工作。如果中标的联合体内部发生糾纷，可以依据共同签订的协议加以解决。

B项：《招标投标法》规定，投标人在招标文件要求提交投标文件的截止时间前，可以补充、修改或者撤回已提交的投标文件，并书面通知招标人。补充、修改的内容为投标文件的组成部分。因此，标书中附有修改报价的函件时，函件属于投标文件的组成部分，投标文件有效。所以B项当选。

《工程建设项目施工招标投标办法》规定，投标文件有下列情形之一的，由评标委员会初审后按废标处理：（一）无单位盖章并无法定代表人或法定代表人授权的代理人签字或盖章的；（二）未按规定的格式填写，内容不全或关键字迹模糊、无法辨认的；（三）投标人递交两份或多份内容不同的投标文件，或在一份投标文件中对同一招标项目报有两个或多个报价，且未声明哪一个有效，按招标文件规定提交备选投标方案的除外；（四）投标人名称或组织结构与资格预审时不一致的；（五）未按招标文件要求提交投标保证金的；（六）联合体投标未附联合体各方共同投标协议的。

A项：对应（一），应做废标处理，所以A项不选。

C项：对应（三），应做废标处理，所以C项不选。

D项：对应（六），应做废标处理，所以D项不选。

本题为选非题，综上所述，本题正确答案为B。

A项，联合体共同投标协议中应明确牵头人、各方职责分工及协议期限，承诺对提交文件承担法律责任等。BDE三项，资格预审项目，申请人应在资格预审申请文件中提交联合体协议书正本；投标时，投标文件中可提交相关复印件。资格后审项目，投标人应在投标文件中提交联合体协议书正本。C项，联合体参加资格预审的，联合体应当在提交资格预审申请文件前组成。资格预审后联合体增减、更换成员的，其投标无效。

B项，资格预审后，只需投标人提交原联合体协议书副本或正本复印件，可不再要求投标人提交联合体协议书正本；C项，联合体成员数量必须符合招标文件的规定，否则将视为不响应招标文件规定，而作为废标。

联合体共同投标协议应当包括如下内容：①联合体组成的牵头人和成员单位名称；②牵头人的职责、权利及义务；③各成员的专业分工；④各联合体成员对中标项目共同和分别承担相应连带责任。