多选题南京国民政府普通法院的审判机构设（）。A特种刑事法院B地方法院C高等法院D最高法院

解析：以“大理院”作为全国最高审判机关的政权有二：清末政府和北洋政府。南京临时政府依据《中华民国临时政府组织大纲》的规定，以临时中央审判所为最高审判机关；依据《临时约法》的规定，以最高法院为最高审判机关。南京国民政府以最高法院为最高审判机关。

解析：南京国民政府以最高法院作为最高审判机关。

(1)采取严密的侦查制度。国民政府中行使刑事侦查的机构很多。特别是检察官，权力很大，几乎可以动用一切的人力物力，侦查或处分任何人或事。(2)实行“自由心证”的诉讼原则。在诉讼过程中，证据的证明力及其是否被采用，由法官的内心信念，即依“心证”来自由判断和取舍。(3)实行秘密审判制度和陪审制度。对于所谓“妨害公共秩序”的案件，即政治案件，实行秘密审判。在“反革命案件”的上诉过程中，可由国民党地方最高党部派出的国民党员所组成的陪审团陪审评议。(4)扩大并强化军事和军法机关的审判。国民政府通过颁布刑事特别法，在诉讼制度方面不断扩大和强化军事和军法机关的审判。不仅使军事机关直接参与司法，而且实际上使司法机关直接处于军事机关的操纵之下。(5)维护帝国主义在华军队的特权。在华美军人员在中国境内犯罪的刑事案件，归美军军事法庭及军事当局裁判。

【精解】抗日战争初期的审判机关包括边区高等法院、高等法院分庭、县司法处和边区政府审判委员会，但出于抗日民主统一战线的需要，各根据地诉讼案件的最高审级的审判机关是南京国民政府最高法院，故选D项。

解析：南京国民政府实行审检合署，检察院设置于法院之内。故D项表述正确。A项错在：在没有通过《法院组织法》之前，南京国民政府仿照北洋政府实行四级三审制，但《法院组织法》通过之后，实行三级三审制。B项错在：南京国民政府最高法院审理的上诉案件，进行法律审，即仅仅审查法律适用是否正确，而不进行事实审理。C项错在：南京国民政府监督检察院工作的机构是司法行政部，而不是法院。

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南京国民政府时期的司法机构分为普通法院系统和特种刑事法庭。普通法院的审判机构分为地方法院、高等法院和最高法院。